Soubor založil roku 1992 violoncellista a dirigent Marek Štryncl s ideálem interpretovat barokní hudbu tak, jak byla provozována v čase svého vzniku. Hra na originální nástroje podložená studiem dobových pramenů a estetiky se stala charakteristickým rysem ansámblu. Jeho repertoár sahá od raného baroka přes vrcholná díla této epochy až po klasicismus. Během let vystoupila Musica florea na stovkách koncertů v Čechách a po celé Evropě. Byla hostem významných festivalů (Pražské jaro, Europalia, Resonanzen Wien, Festival van Vlaanderen Brugge). Spolupracuje s významnými sólisty a ansámbly (Magdalena Kožená, Les Musiciens du Paradis, Orlando Consort, Ensemble Philidor, The New Israeli Vocal Ensemble, Boni Pueri, Regensburger Domspatzen, Musica Aeterna). Musica florea obdržela řadu významných ocenění: patří mezi ně nejvyšší ohodnocení francouzského časopisu Diapason za nahrávku duchovního díla J. D. Zelenky Missa Sanctissimae Trinitatis (1994), cena hudební kritiky za nejlepší interpretační výkon na VII. Středoevropském festivalu koncertního umění v Žilině (1997), nebo cena "Zlatá Harmonie 1997" za nejlepší domácí nahrávku roku, na níž Musica florea v áriích z kantát a oratorií J. S. Bacha doprovází mezzosopranistku Magdalenu Koženou (1997). V roce 2003 Musica FAlorrea získala prestižní ocenění Cannes Classical Awards na světovém hudebním veletrhu MIDEM za nahrávku Melodramatu de Sancto Wenceslao – Sub olea pacis et palma virtutis J. D. Zelenky (Supraphon, 2001).
Společně s mezinárodním týmem se Musica florea v letech 1999–2002 podílela na výjimečném provedení představení opery Castor et Polux od J. Ph. Rameaua v Národním divadle v Praze, v novodobé premiéře provedla na Pražském hradě korunovační hru J. D. Zelenky Sub olea pacis et palma virtutis. Na svém kontě má Musica florea řadu CD pro české i evropské nahrávací společnosti. Pro Supraphon realizoval soubor zmíněnou nahrávku Zelenkovy korunovační hry (SU 3520-2), dále nahrávky 12 duchovních kantát J. L. Dukáta Cithara Nova (SU 3474-2), duchovních skladeb J. C. F. Fischera z pražského archivu řádu Křížovníku (SU 3534-2) a Nešpor od P. J. Vejvanovského (SU 3535-2)